高額療養費の計算に入院してかかった差額ベッドなどの個室料も入るのでしょうか？

いいえ、含まれません。

いいえ、高額療養費の計算には差額ベット代などの個室料や入院時の食事負担などは含まれません。
あくまで保険診療した医療費が対象となります。
例えば区分オの人で保険診療分の３割負担の合計が１０万円かかったとしますと、１０万円から３５，４００円を差し引いた額が戻ります。