乗らなくなった原付がありますがどうしたらいいですか？

手続きをすることはありません。

軽自動車税は、原付バイクの所有に対して賦課する税金になります。したがいまして、「公道を走らないから」「乗る予定がないから」等の理由で原付バイクは所有したままで、廃棄等の処分をしない場合は、ナンバーの返却（廃車）の手続きはできません。
　ナンバーの返却（廃車）ができるのは、「バイクを廃棄する」「他人に譲渡する」「三島市から転出した」等の所有権を喪失した場合や定置場が変更になり三島市の課税権が失った場合になります。ただし、これらの行為も既に実行されたか直ちに行われることが前提となりますので、「他人に譲渡するけど譲渡する人が決まっていない」等の予定の段階では廃車はできません。
　また、公道を走らないからナンバーはいらないのではとのお問い合わせをいただきますが、原付のナンバープレートは、軽自動車税を賦課している課税標識になりますので、走行のための標識ではありませんのでご注意願います。